Так. В итоге ГУ нормально подхватил и обновился с флешки USB 3.0 на 32ГБ и размером кластера 8192 байт (меньше физически при форматировании не выставлялось).
На нее, как и на предыдущую скидывал один и тот же файл новой прошивки в формате ISO. Видимо, у USB 2.0 на 16ГБ действительно что-то с разъëмом от времени. Странно, в общем.
Всем огромное спасибо за советы и поддержку!